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Import isa

Julien Seiler requested to merge import_isa into dev

Client

Import depuis Labguru

  • Ecran de nouvelle investigation: Ajout d’un bouton “Import from …”

Le nouveau bouton “Import from …” permet à l’utilisateur d’accéder à l’interface d’import à partir d’une nouvelle investigation.

  • Ecran de sélection d’outil pour l’import

Cet écran liste l’ensemble des outils compatibles avec un import à partir d’une nouvelle investigation.

L’utilisateur peut selectionner un outils déjà instancié ou en déclarer un nouveau.

  • Ecran de configuration d’un tool

L’import d’une investigation depuis un cahier de labo LabGuru démarre par la configuration du connecteur LabGuru.

Pour LabGuru seul la connexion par token est possible.

Dans cette approche, les outils sont créé au fil de l’eau et il n’est pas nécessaire de les configurer au préalable.

Si l’utilisateur avait déjà créé un tool LabGuru celui-ci aurait été proposé. L’utilsateur aurait alors pu choisir un outil pré-configurer ou de configurer un nouveau tool LabGuru.

On ne demande pas de nom pour chaque Tool car OpenLink le déterminer automatiquement via l’API de l’outil ou à défaut du nom d’hôte du serveur.

  • Ecran de navigation dans les objets d’un tool

Une fois la connexion établie avec LabGuru, le connecteur présente la liste des projets.

Il est possible de choisir un projet ou bien de naviguer à l’intérieur d’un projet pour sélectionner un dossier ou une expérience.

Le projet LabGuru “ACT-2 Mutants-PredACTINg” a été sélectionné. L’import sera fait à partir de ce projet.

  • Ecran de validation d’une importation

Avant de réaliser l’import, l’utilisateur visualise l’ensemble des objets qui seront créés/modifiés suite à cette action (détails des imports). Il s'agit d'un dry-run à spécifier en paramètre de l'API.

  • Arbre complet d’une investigation

Après l’importation, on découvre l’arboresence ISA qui a été généré à partir du projet LabGuru.

Concernant le nom de l’investigation après import:

  • On utilise systématiquement le nom de l'objet importé afin de créer l'objet ISA

L’investigation présente bien un Data link vers le projet LabGuru sélectionné.

Chaque study et assay est lié au travers d’un Data link à l’objet LabGuru correspondant.

La distribution des données est vide puisque le seul Data Link (LabGuru) n’intègre aucune données.

Edited by Julien Seiler

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