add AscatNGS 2.1.0
Suite demande: https://community.cluster.france-bioinformatique.fr/t/ascatngs-pour-la-recherche-de-cnv-a-partir-de-wgs/
AscatNGS, pas dispo sous bioconda (sous bioconda il y a une version ASCAT mais pas le workflow AscatNGS) mais dispo via docker/singularity (https://github.com/cancerit/dockstore-cgpwgs#singularity) en dernière version (https://quay.io/repository/wtsicgp/dockstore-cgpwgs?tab=tags).
On utilise singularity.
Il y a énormément de binaires dans l'image (R, ascat.pl, bedtools, bwa, fastafrombed, etc.) dans /opt/wtsi-cgp/bin et /opt/wtsi-cgp/biobambam2/bin. Il y a aussi des packages R, des manuels (man), des libs, etc.
Ici on n'expose (via les wrapper) que les scripts ds-cgpwgs.pl
et analysisWGS.sh
.
Le test de vérification de l'image est très light: test de l'existence du fichier (pas de jeu de test présent, et le lancement de ds-cgpwgs.pl échoue lors de la phase de test mais pas une fois l'image créé).