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CulebrONT requirements

David Benaben requested to merge culebront-requirments into master

Suite demande https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-soft-pour-culebront/

J'ai opté pour installer les dépendances toutes dipsonibles via conda:

  • nanopolish/0.13.2
  • racon/1.4.20
  • miniasm/0.3_r179
  • smartdenovo/1.0.0
  • minipolish/0.1.2
  • shasta/0.6.0
  • mauve/2.4.0.r4736

Le projet CulebrONT fournit également des images singularity, mais il m'a semblé préférable d'installer les dépendances via conda (permets d'utiliser les softs "unitairement" et j'ai pas bien compris l'objet de chaque image singularity).

Merge request reports