Développement d'un algorithme de repérage des individus avec des limitations motrices ou organiques à partir des données de l'Assurance maladie en France.
L'algorithme cherche à identifier les individus présentant des limitations fonctionnelles motrices ou organiques, en se basant sur les données de consommation de soins disponibles dans les données du Système national des données de santé (SNDS).
To make it easy for you to get started with GitLab, here's a list of recommended next steps.
## Méthodologie :
L'algorithme utilise les informations du Système national des données de santé (SNDS) en France. Il classe les données selon la présence de limitations fonctionnelles en catégories telles que "avérée", "potentielle" ou "pas de limitation". Il crée un indicateur binaire de limitation fonctionnelle motrice ou organique en se basant sur les informations recueillies entre 2012 et 2019. Pour une explication plus détaillée des décisions prises lors du développement de l'algorithme, voir le rapport Irdes n°587 d'avril 2023.
Already a pro? Just edit this README.md and make it your own. Want to make it easy? [Use the template at the bottom](#editing-this-readme)!
## Données utilisées :
Les données utilisées proviennent du Système national des données de santé (SNDS) en France, comprenant les codes traceurs de la Classification internationale des maladie (Cim) issus des motifs d’exonération (affection longue durée, invalidité, longue maladie) ou d’hospitalisation (en MCO, SSR, rimp), les actes de chirurgie, les dispositifs médicaux, les médicaments, les actes des professionnels de santé et les séjours en soins de suite et de réadaptation (SSR). Elles couvrent la période allant de 2012 à 2019.
## Add your files
## Validation :
L'algorithme a été développé et validé en utilisant les données du SNDS. Il permet d'estimer le nombre de personnes avec une limitation motrice ou organique chaque année pouvant provoquer une situation de handicap. Les performances sont décrites dans le rapport Irdes n°587 d'avril 2023.
-[ ] [Create](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/repository/web_editor.html#create-a-file) or [upload](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/repository/web_editor.html#upload-a-file) files
-[ ] [Add files using the command line](https://docs.gitlab.com/ee/gitlab-basics/add-file.html#add-a-file-using-the-command-line) or push an existing Git repository with the following command:
## Date de dernière mise à jour :
Il s’agit de la version 1.0 créé en SAS. L'implémentation en Python est prévue courant 2024
Pour lancer l’algorithme moteur sur le portail SNDS, il faut importer les programmes suivants :
-[ ] [Set up project integrations](https://gitlab.com/healthdatahub/boas/irdes/rish/handicap-moteur-et-organique/-/settings/integrations)
001_FISH_Moteur_LPP_PopG.sas
002_FISH_Moteur_Medic_PopG.sas
003_FISH_Moteur_CCAM_PopG.sas
004_FISH_Moteur_MotifE1_PopG.sas
005_FISH_Moteur_MotifHop1_PopG.sas
006_FISH_Moteur_kine_PopG.sas
007_FISH_Moteur_Inf_PopG.sas
008_FISH_Moteur_MotifE2_PopG.sas
009_FISH_Moteur_MotifHop2_PopG.sas
010_FISH_Moteur_Phonie_PopG.sas
011_FISH_Moteur_SSR_PopG.sas
012_FISH_Moteur_LIMITM_Indv_PopG.sas
013_FISH_Moteur_Pluri_2012_2019_PopG.sas
014_FISH_Algorithme_TransV.sas
Lancement_Asynchrone_Fish_Moteur
MultiTranspose
## Collaborate with your team
Il faut également importer plusieurs fichiers Excel qui servent de nomenclature de codages des maladies, des actes médicaux etc.
Les tables de nomenclatures mises à disposition :
-[ ] [Invite team members and collaborators](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/members/)
-[ ] [Create a new merge request](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/merge_requests/creating_merge_requests.html)
-[ ] [Automatically close issues from merge requests](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/issues/managing_issues.html#closing-issues-automatically)
Base_cim10 : liste des pathologies (CIM10) avec des limitations associées ;
LPP_moteur_source : liste des produits et prestations (LPP) avec des limitations associées ;
Medicament_source : liste des médicaments (CIP13) avec des limitations associées ;
Med_liste_sus_source : liste des médicaments (UCD13) prescrit lors d’une hospitalisation avec des limitations associées ;
Ccam_moteur_source : liste des actes médicaux (CCAM) avec des limitations associées ;
Correspondance_ccam_ccam : Liste des couples CCAM – CCAM qui réparent un acte médical.
Corresp_cim_ccam_casse : Liste des couples CIM10 – CCAM qui cassent un diagnostic.
Corresp_cim_ccam_repare : Liste des couples CIM10 – CCAM qui réparent un diagnostic.
Corresp_cim_cim_casse : Liste des couples CIM10 – CIM10 qui cassent un diagnostic.
## Test and Deploy
## Comment utiliser l’algorithme :
Les programmes 001 à 011 servent à créer les limitations pour chaque traceur.
Use the built-in continuous integration in GitLab.
Le programme « 012_FISH_Moteur_LIMITM_Indv_PopG.sas » synthétise les informations issues des traceurs et permet de créer une limitation individuelle pour une année donnée.
Ces programmes sont à lancer en asynchrone sur le portail grâce au programme « Lancement_Asynchrone_FishMoteur.sas » qui doit être installé localement sur l’ordinateur. Ce dernier lancera le programme « 014_FISH_Algorithme_TransV.sas » qui lancera la compilation de chaque programme successivement pour les années définies.
-[ ] [Get started with GitLab CI/CD](https://docs.gitlab.com/ee/ci/quick_start/index.html)
-[ ] [Analyze your code for known vulnerabilities with Static Application Security Testing (SAST)](https://docs.gitlab.com/ee/user/application_security/sast/)
-[ ] [Deploy to Kubernetes, Amazon EC2, or Amazon ECS using Auto Deploy](https://docs.gitlab.com/ee/topics/autodevops/requirements.html)
-[ ] [Use pull-based deployments for improved Kubernetes management](https://docs.gitlab.com/ee/user/clusters/agent/)
-[ ] [Set up protected environments](https://docs.gitlab.com/ee/ci/environments/protected_environments.html)
Le programme « 013_FISH_Moteur_Pluri_2012_2019_PopG.sas » doit être compilé manuellement après tous les traitements. Il permet d’obtenir la limitation motrice finale des individus compte tenu de leur situation entre 2012 et 2019.
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## Support :
Maude Espagnacq : Espagnacq@irdes.fr
Camille Regaert : Regaert@irdes.fr
# Editing this README
## Contributions :
N/A
When you're ready to make this README your own, just edit this file and use the handy template below (or feel free to structure it however you want - this is just a starting point!). Thanks to [makeareadme.com](https://www.makeareadme.com/) for this template.
## Crédits :
Le macroprogramme SAS MultiTranspose créé par Patrick Blisle est utilisé.
Every project is different, so consider which of these sections apply to yours. The sections used in the template are suggestions for most open source projects. Also keep in mind that while a README can be too long and detailed, too long is better than too short. If you think your README is too long, consider utilizing another form of documentation rather than cutting out information.
## Autre :
Reconstitution du numéro d'ALD à partir des recommandations du Health dataHub :
Let people know what your project can do specifically. Provide context and add a link to any reference visitors might be unfamiliar with. A list of Features or a Background subsection can also be added here. If there are alternatives to your project, this is a good place to list differentiating factors.
## Badges
On some READMEs, you may see small images that convey metadata, such as whether or not all the tests are passing for the project. You can use Shields to add some to your README. Many services also have instructions for adding a badge.
## Visuals
Depending on what you are making, it can be a good idea to include screenshots or even a video (you'll frequently see GIFs rather than actual videos). Tools like ttygif can help, but check out Asciinema for a more sophisticated method.
## Installation
Within a particular ecosystem, there may be a common way of installing things, such as using Yarn, NuGet, or Homebrew. However, consider the possibility that whoever is reading your README is a novice and would like more guidance. Listing specific steps helps remove ambiguity and gets people to using your project as quickly as possible. If it only runs in a specific context like a particular programming language version or operating system or has dependencies that have to be installed manually, also add a Requirements subsection.
## Usage
Use examples liberally, and show the expected output if you can. It's helpful to have inline the smallest example of usage that you can demonstrate, while providing links to more sophisticated examples if they are too long to reasonably include in the README.
## Support
Tell people where they can go to for help. It can be any combination of an issue tracker, a chat room, an email address, etc.
## Roadmap
If you have ideas for releases in the future, it is a good idea to list them in the README.
## Contributing
State if you are open to contributions and what your requirements are for accepting them.
For people who want to make changes to your project, it's helpful to have some documentation on how to get started. Perhaps there is a script that they should run or some environment variables that they need to set. Make these steps explicit. These instructions could also be useful to your future self.
You can also document commands to lint the code or run tests. These steps help to ensure high code quality and reduce the likelihood that the changes inadvertently break something. Having instructions for running tests is especially helpful if it requires external setup, such as starting a Selenium server for testing in a browser.
## Authors and acknowledgment
Show your appreciation to those who have contributed to the project.
## License
For open source projects, say how it is licensed.
## Project status
If you have run out of energy or time for your project, put a note at the top of the README saying that development has slowed down or stopped completely. Someone may choose to fork your project or volunteer to step in as a maintainer or owner, allowing your project to keep going. You can also make an explicit request for maintainers.
