AWH PMF can get nan values (the bias is not affected)
In the AWH output the PMF values can become nan. This is a part of an AWH output (2D with one alchemical dimension) after 15 ns:
0.2064 0.0000 5.53472 4.68042 24.2653 24.9396 2.91667 0
0.2064 1.0000 92.7812 91.7095 11.2476 11.1631 2.625 0
0.2064 2.0000 175.44 175.166 0.335884 0.417713 2.33333 0
0.2064 3.0000 177.527 178.2 0 9.79129e-15 1.75 0
0.2064 4.0000 177.527 177.171 0 2.62395e-28 1.16667 0
0.2064 5.0000 177.527 176.441 0 2.23326e-37 0.875 0
0.2064 6.0000 177.527 175.413 0 2.10195e-44 0.583333 0
0.2064 7.0000 177.527 175.413 0 0 0.583333 0
0.2064 8.0000 177.527 175.413 0 0 0.583333 0
0.2064 9.0000 177.527 175.413 0 0 0.583333 0
0.2064 10.0000 177.527 175.413 0 0 0.583333 0
0.2064 11.0000 177.527 175.413 0 2.8026e-45 0.583333 0
0.2064 12.0000 177.527 175.413 0 1.15362e-20 0.583333 0
0.2064 13.0000 177.527 175.413 0 1.78057e-10 0.583333 0
0.2064 14.0000 177.527 175.412 0 4.90766e-06 0.583333 0
0.2064 15.0000 177.527 175.387 0 0.000408563 0.583333 0
0.2064 16.0000 177.527 175.355 0 0.000996852 0.583333 0
0.2064 17.0000 177.527 175.33 0 0.00150286 0.583333 0.120419
0.2064 18.0000 176.331 173.464 0.0726236 0.0569112 0.583333 3.4675
0.2064 19.0000 169.062 165.065 0.453897 0.30294 0.583333 14.4271
0.2064 20.0000 164.267 161.692 0.889638 0.897344 1.16667 25.0133
0.2165 0.0000 5.02987 4.39845 25.0551 24.9861 2.91667 0
0.2165 1.0000 92.5285 91.6598 11.1931 11.1724 2.625 0
0.2165 2.0000 175.551 175.403 0.408507 0.389174 2.33333 0
0.2165 3.0000 177.528 178.2 0 7.23648e-15 1.75 0
0.2165 4.0000 177.528 177.171 0 1.67024e-28 1.16667 0
0.2165 5.0000 177.528 176.441 0 3.08697e-37 0.875 0
0.2165 6.0000 177.528 175.413 0 2.94273e-44 0.583333 0
0.2165 7.0000 177.528 175.413 0 0 0.583333 0
0.2165 8.0000 177.528 175.413 0 0 0.583333 0
0.2165 9.0000 177.528 175.413 0 0 0.583333 0
0.2165 10.0000 177.528 175.413 0 0 0.583333 0
0.2165 11.0000 177.528 175.413 0 2.66247e-44 0.583333 0
0.2165 12.0000 177.528 175.413 0 8.85885e-20 0.583333 0
0.2165 13.0000 177.528 175.413 0 1.36494e-09 0.583333 0
0.2165 14.0000 177.528 175.411 0 3.2043e-05 0.583333 0
0.2165 15.0000 nan 175.356 0.00907794 0.00161622 0.583333 0
0.2165 16.0000 177.528 175.293 0 0.00368372 0.583333 0
0.2165 17.0000 177.524 175.238 0 0.00480797 0.583333 0.0150915
0.2165 18.0000 176.693 173.33 0.0817015 0.0616293 0.583333 2.62778
0.2165 19.0000 169.331 165.174 0.254182 0.297022 0.583333 18.5108
0.2165 20.0000 164.408 161.727 0.853327 0.890292 1.16667 25.1849
0.2265 0.0000 4.53263 4.02143 25.6815 25.0399 2.91667 0
0.2265 1.0000 92.2504 91.4675 11.8013 11.2051 2.625 0
0.2265 2.0000 175.596 175.527 0.344962 0.378278 2.33333 0
0.2265 3.0000 177.528 178.2 0 6.20604e-15 1.75 0
0.2265 4.0000 177.528 177.171 0 1.37692e-28 1.16667 0
0.2265 5.0000 177.528 176.441 0 2.48121e-37 0.875 0
0.2265 6.0000 177.528 175.413 0 2.10195e-44 0.583333 0
0.2265 7.0000 177.528 175.413 0 0 0.583333 0
0.2265 8.0000 177.528 175.413 0 0 0.583333 0
0.2265 9.0000 177.528 175.413 0 0 0.583333 0
0.2265 10.0000 177.528 175.413 0 0 0.583333 0
0.2265 11.0000 177.528 175.413 0 7.56701e-44 0.583333 0
0.2265 12.0000 177.528 175.413 0 2.50574e-19 0.583333 0
0.2265 13.0000 177.528 175.413 0 3.85823e-09 0.583333 0
0.2265 14.0000 177.528 175.41 0 8.46471e-05 0.583333 0
0.2265 15.0000 177.49 175.334 0 0.00295856 0.583333 0
0.2265 16.0000 177.405 175.253 0.00907794 0.00605507 0.583333 0
0.2265 17.0000 177.366 175.132 0.00907794 0.00849029 0.583333 0.131214
0.2265 18.0000 176.176 173.245 0.127091 0.0630748 0.583333 2.74341
0.2265 19.0000 169.666 165.312 0.245104 0.290605 0.583333 10.9883
0.2265 20.0000 164.619 161.678 0.998574 0.886416 1.16667 23.7399
Since the nans are not observed in the bias the simulations, as such, are not affected.