htstools/interactive_ali/gap_shrink.md

 # GapとShrinkの求め方
 
-通常のaliではShrinkは求めていないが、このアライメントツールでは求める。垂直入射の飛跡はここでは使わない。
+通常のaliではベーストラック1とベーストラック2の角度の比(以下、Shrink)は求めていないが、このinteractive_aliでは求める。GapとShrinkの計算では垂直入射の飛跡は使わない。
 
 真の角度 $`ax, ay`$を、ベーストラック1とベーストラック2の角度の平均値と定義する。