setup.sh（Makefile）でのビルドを通るようにする

setup.sh が生成する Makefile でのビルドが master で通りません。CI が cmake ビルドしか回していないため、ソースの追加・移動・削除に Makefile 側のファイル（Makefile.am、.dependf90、setup_fistr.sh）が追従していない状態が積み重なっていました。3系統23箇所を直して、ビルドが最後まで通るようにしています。