Fixed none orbital pivoting ('none' should be equivalent to orb+none)

- If a transiesta users requests Pivot 'none' there
  was a bug related to defaulting the atomic pivoting
  table.
  This has been fixed now.
  

Src/m_ts_pivot.F90

@@ -129,6 +129,7 @@ contains
        ! We are doing atomic comparison
        call rgn_orb2atom(r_Els,na_u,lasto,r_tmp)
        call rgn_copy(r_tmp,r_Els)
+       call rgn_delete(r_tmp)
 
        call SpOrb_to_SpAtom(dit,sp,na_u,lasto,tmp_Sp)
        ! *** the distribution will always
@@ -139,7 +140,9 @@ contains
     end if
 
     ! The size of the sparsity pattern
+    ! Note this is WITH buffer atoms...
     n = nrows_g(tmp_Sp)
+    ! This is without buffer atoms
     n_pvt = c_pvt%n
 
     ! Create priority list for electrodes
@@ -154,11 +157,16 @@ contains
     call rgn_sort(r_Els)
 
     if ( str_contain(pvt_str,'none') ) then
-       str_tmp = trim(str_tmp)//'+none'
+       str_tmp = 'orb+none'
 
        ! do nothing, the pivoting array
        ! is already arranged correctly
-
+       ! We simply copy the r_pvt to c_pvt
+       ! a 'none' pivoting is equivalent
+       ! to an 'orb+none'
+       call rgn_copy(r_pvt, c_pvt)
+       pvt_orb = .true.
+       
     else if ( str_contain(pvt_str,'CM') ) then
        str_tmp = trim(str_tmp)//'+CM'
 

Util/COOP/Makefile

@@ -139,11 +139,13 @@ class_SpData2D.o: class_Data2D.o class_Data2D.o class_Data2D.o class_Data2D.o
 class_SpData2D.o: class_Data2D.o class_Data2D.o
 class_Sparsity.o: alloc.o
 coceri.o: files.o periodic_table.o precision.o
-compute_dm.o: atomlist.o class_SpData1D.o diagon.o iodmhs_netcdf.o
-compute_dm.o: kpoint_grid.o m_dminim.o m_energies.o m_eo.o m_gamma.o m_rmaxh.o
-compute_dm.o: m_spin.o m_steps.o m_transiesta.o m_ts_global_vars.o m_zminim.o
-compute_dm.o: normalize_dm.o ordern.o parallel.o precision.o siesta_geom.o
-compute_dm.o: siesta_options.o sparse_matrices.o sys_local.o units.o
+compute_dm.o: atomlist.o class_SpData1D.o compute_ebs_shift.o diagon.o
+compute_dm.o: iodmhs_netcdf.o kpoint_grid.o m_dminim.o m_energies.o m_eo.o
+compute_dm.o: m_gamma.o m_hsx.o m_pexsi_driver.o m_rmaxh.o m_spin.o m_steps.o
+compute_dm.o: m_transiesta.o m_ts_global_vars.o m_zminim.o normalize_dm.o
+compute_dm.o: ordern.o parallel.o precision.o siesta_geom.o siesta_options.o
+compute_dm.o: sparse_matrices.o sys_local.o units.o
+compute_ebs_shift.o: m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
 compute_energies.o: atomlist.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o dhscf.o
 compute_energies.o: files.o m_dipol.o m_energies.o m_mpi_utils.o m_ntm.o
 compute_energies.o: m_rhog.o m_spin.o precision.o siesta_geom.o
@@ -351,6 +353,8 @@ m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
+m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
+m_iodm_old.o: precision.o sparse_matrices.o sys_local.o
 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o
 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys_local.o units.o
@@ -389,6 +393,17 @@ m_overkkneig.o: alloc.o atomlist.o m_orderbands.o parallel.o parallelsubs.o
 m_overkkneig.o: precision.o siesta_geom.o sparse_matrices.o
 m_partial_charges.o: atmfuncs.o atomlist.o mesh.o meshphi.o parallel.o
 m_partial_charges.o: precision.o siesta_geom.o siesta_options.o sys_local.o
+m_pexsi.o: precision.o
+m_pexsi_dos.o: alloc.o class_Distribution.o m_mpi_utils.o m_redist_spmatrix.o
+m_pexsi_dos.o: parallel.o precision.o units.o
+m_pexsi_driver.o: alloc.o class_Distribution.o extrae_module.o m_convergence.o
+m_pexsi_driver.o: m_mpi_utils.o m_pexsi.o m_redist_spmatrix.o parallel.o
+m_pexsi_driver.o: precision.o siesta_options.o units.o
+m_pexsi_local_dos.o: alloc.o atomlist.o class_Distribution.o dhscf.o files.o
+m_pexsi_local_dos.o: m_energies.o m_forces.o m_mpi_utils.o m_ntm.o
+m_pexsi_local_dos.o: m_redist_spmatrix.o m_spin.o parallel.o precision.o
+m_pexsi_local_dos.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o
+m_pexsi_local_dos.o: sys_local.o units.o
 m_pivot.o: class_Sparsity.o m_pivot_methods.o m_region.o
 m_pivot_methods.o: class_Sparsity.o m_region.o precision.o
 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
@@ -396,6 +411,7 @@ m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
 m_planewavematrixvar.o: precision.o
 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys_local.o
+m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
 m_region.o: class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o geom_helper.o
 m_region.o: intrinsic_missing.o
 m_rhog.o: alloc.o atomlist.o class_Data1D.o class_Fstack_Pair_Data1D.o
@@ -584,6 +600,8 @@ matel_registry.o: sys_local.o
 md_out.o: files.o m_energies.o precision.o sys_local.o units.o
 md_utils.o: precision.o
 memory.o: alloc.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
+memory_all.o: rusage.o
+memory_snapshot.o: rusage.o
 memoryinfo.o: precision.o
 mesh.o: precision.o
 meshcomm.o: mesh.o precision.o
@@ -627,8 +645,8 @@ outcell.o: precision.o siesta_cml.o units.o
 outcoor.o: alloc.o atmfuncs.o precision.o siesta_geom.o sys_local.o units.o
 overfsm.o: alloc.o atmfuncs.o mneighb.o new_matel.o parallel.o parallelsubs.o
 overfsm.o: precision.o
-overlap.o: alloc.o atmfuncs.o mneighb.o new_matel.o parallel.o parallelsubs.o
-overlap.o: precision.o
+overlap.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_iodm_old.o m_matio.o mneighb.o
+overlap.o: new_matel.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
 parallelsubs.o: domain_decom.o parallel.o spatial.o sys_local.o
 pdos.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o densematrix.o files.o m_spin.o parallel.o
 pdos.o: parallelsubs.o precision.o siesta_geom.o units.o xml.o
@@ -691,9 +709,9 @@ rhoofd.o: sys_local.o
 rhoofdsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o
 rhoofdsp.o: meshdscf.o meshphi.o precision.o sys_local.o
 save_density_matrix.o: atomlist.o files.o iodm_netcdf.o m_energies.o m_iodm.o
-save_density_matrix.o: m_ncdf_siesta.o m_spin.o m_steps.o m_ts_global_vars.o
-save_density_matrix.o: m_ts_iodm.o m_ts_options.o precision.o siesta_options.o
-save_density_matrix.o: sparse_matrices.o
+save_density_matrix.o: m_matio.o m_ncdf_siesta.o m_spin.o m_steps.o
+save_density_matrix.o: m_ts_global_vars.o m_ts_iodm.o m_ts_options.o
+save_density_matrix.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
 savepsi.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
 scfconvergence_test.o: ldau.o ldau_specs.o m_convergence.o m_energies.o
 scfconvergence_test.o: m_wallclock.o parallel.o precision.o siesta_cml.o
@@ -717,30 +735,34 @@ setup_ordern_indexes.o: alloc.o domain_decom.o parallel.o spatial.o
 shaper.o: atmfuncs.o mneighb.o precision.o
 show_distribution.o: atomlist.o parallel.o parallelsubs.o siesta_geom.o
 show_distribution.o: sys_local.o
-siesta.o: alloc.o m_steps.o siesta_analysis.o siesta_end.o siesta_forces.o
-siesta.o: siesta_init.o siesta_move.o
+siesta.o: alloc.o extrae_module.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o
+siesta.o: siesta_analysis.o siesta_end.o siesta_forces.o siesta_init.o
+siesta.o: siesta_move.o
 siesta2wannier90.o: files.o m_digest_nnkp.o m_spin.o m_trialorbitalclass.o
 siesta2wannier90.o: parallel.o precision.o siesta_options.o sys_local.o
 siesta_analysis.o: alloc.o atomlist.o bands.o basis_enthalpy.o dhscf.o files.o
 siesta_analysis.o: flook_siesta.o kpoint_grid.o ksv.o ksvinit.o local_DOS.o
 siesta_analysis.o: m_dipol.o m_energies.o m_eo.o m_forces.o m_gamma.o
-siesta_analysis.o: m_mpi_utils.o m_ntm.o m_partial_charges.o m_spin.o m_steps.o
+siesta_analysis.o: m_iodm_old.o m_mpi_utils.o m_ntm.o m_partial_charges.o
+siesta_analysis.o: m_pexsi_dos.o m_pexsi_local_dos.o m_spin.o m_steps.o
 siesta_analysis.o: parallel.o projected_DOS.o siesta2wannier90.o siesta_cml.o
 siesta_analysis.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o units.o
 siesta_analysis.o: write_subs.o writewave.o zmatrix.o
 siesta_cmlsubs.o: files.o parallel.o siesta_cml.o timestamp.o version.o
 siesta_dicts.o: atomlist.o m_energies.o m_forces.o precision.o siesta_geom.o
 siesta_dicts.o: siesta_options.o
-siesta_end.o: alloc.o bands.o densematrix.o flook_siesta.o m_dscfcomm.o
-siesta_end.o: m_fixed.o m_mixing_scf.o m_rhog.o m_wallclock.o meshdscf.o
-siesta_end.o: meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o siesta_cmlsubs.o
-siesta_end.o: siesta_master.o siesta_options.o sparse_matrices.o timestamp.o
+siesta_end.o: alloc.o bands.o densematrix.o extrae_eventllist.o flook_siesta.o
+siesta_end.o: m_dscfcomm.o m_fixed.o m_mixing_scf.o m_rhog.o m_wallclock.o
+siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
+siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
+siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
 siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
 siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o final_H_f_stress.o
 siesta_forces.o: flook_siesta.o kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o
-siesta_forces.o: m_forces.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_ncdf_siesta.o m_rhog.o
-siesta_forces.o: m_spin.o m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
-siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
+siesta_forces.o: m_forces.o m_iodm_old.o m_mixing.o m_mixing_scf.o
+siesta_forces.o: m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o
+siesta_forces.o: m_rhog.o m_spin.o m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o
+siesta_forces.o: m_ts_charge.o m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
 siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o parallel.o post_scf_work.o precision.o
 siesta_forces.o: save_density_matrix.o scfconvergence_test.o setup_H0.o
 siesta_forces.o: setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
@@ -794,7 +816,8 @@ struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
 struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
 struct_init.o: units.o zmatrix.o
 sys.o: parallel.o
-timer.o: m_timer.o parallel.o sys_local.o timer_tree.o
+timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys_local.o
+timer.o: timer_tree.o
 timer_tree.o: m_walltime.o
 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
 transition_rate.o: sys_local.o
@@ -911,6 +934,7 @@ m_cgwf.o: cgwf.o
 m_chempot.o: chempot.o
 m_chkgmx.o: chkgmx.o
 m_compute_dm.o: compute_dm.o
+m_compute_ebs_shift.o: compute_ebs_shift.o
 m_compute_energies.o: compute_energies.o
 m_compute_max_diff.o: compute_max_diff.o
 m_compute_rhog.o: compute_rhog.o
@@ -957,6 +981,7 @@ m_on_subs.o: on_subs.o
 m_ordern.o: ordern.o
 m_overfsm.o: overfsm.o
 m_overlap.o: overlap.o
+m_pexsi_solver.o: m_pexsi_driver.o
 m_post_scf_work.o: post_scf_work.o
 m_projected_dos.o: projected_DOS.o
 m_proximity_check.o: proximity_check.o
@@ -965,6 +990,7 @@ m_rdiag_elpa.o: rdiag_elpa.o
 m_rdiag_mrrr.o: rdiag_mrrr.o
 m_rhofft.o: rhofft.o
 m_rhoofd.o: rhoofd.o
+m_rusage.o: rusage.o
 m_save_density_matrix.o: save_density_matrix.o
 m_scf_options.o: m_options.o
 m_scfconvergence_test.o: scfconvergence_test.o

Util/Denchar/Src/Makefile

@@ -205,11 +205,13 @@ class_SpData2D.o: class_Data2D.o class_Data2D.o class_Data2D.o class_Data2D.o
 class_SpData2D.o: class_Data2D.o class_Data2D.o
 class_Sparsity.o: alloc.o
 coceri.o: files.o periodic_table.o precision.o
-compute_dm.o: atomlist.o class_SpData1D.o diagon.o iodmhs_netcdf.o
-compute_dm.o: kpoint_grid.o m_dminim.o m_energies.o m_eo.o m_gamma.o m_rmaxh.o
-compute_dm.o: m_spin.o m_steps.o m_transiesta.o m_ts_global_vars.o m_zminim.o
-compute_dm.o: normalize_dm.o ordern.o parallel.o precision.o siesta_geom.o
-compute_dm.o: siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o units.o
+compute_dm.o: atomlist.o class_SpData1D.o compute_ebs_shift.o diagon.o
+compute_dm.o: iodmhs_netcdf.o kpoint_grid.o m_dminim.o m_energies.o m_eo.o
+compute_dm.o: m_gamma.o m_hsx.o m_pexsi_driver.o m_rmaxh.o m_spin.o m_steps.o
+compute_dm.o: m_transiesta.o m_ts_global_vars.o m_zminim.o normalize_dm.o
+compute_dm.o: ordern.o parallel.o precision.o siesta_geom.o siesta_options.o
+compute_dm.o: sparse_matrices.o sys.o units.o
+compute_ebs_shift.o: m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
 compute_energies.o: atomlist.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o dhscf.o
 compute_energies.o: files.o m_dipol.o m_energies.o m_mpi_utils.o m_ntm.o
 compute_energies.o: m_rhog.o m_spin.o precision.o siesta_geom.o
@@ -412,6 +414,8 @@ m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
+m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
+m_iodm_old.o: precision.o sparse_matrices.o sys.o
 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
@@ -449,6 +453,17 @@ m_overkkneig.o: alloc.o atomlist.o m_orderbands.o parallel.o parallelsubs.o
 m_overkkneig.o: precision.o siesta_geom.o sparse_matrices.o
 m_partial_charges.o: atmfuncs.o atomlist.o mesh.o meshphi.o parallel.o
 m_partial_charges.o: precision.o siesta_geom.o siesta_options.o sys.o
+m_pexsi.o: precision.o
+m_pexsi_dos.o: alloc.o class_Distribution.o m_mpi_utils.o m_redist_spmatrix.o
+m_pexsi_dos.o: parallel.o precision.o units.o
+m_pexsi_driver.o: alloc.o class_Distribution.o extrae_module.o m_convergence.o
+m_pexsi_driver.o: m_mpi_utils.o m_pexsi.o m_redist_spmatrix.o parallel.o
+m_pexsi_driver.o: precision.o siesta_options.o units.o
+m_pexsi_local_dos.o: alloc.o atomlist.o class_Distribution.o dhscf.o files.o
+m_pexsi_local_dos.o: m_energies.o m_forces.o m_mpi_utils.o m_ntm.o
+m_pexsi_local_dos.o: m_redist_spmatrix.o m_spin.o parallel.o precision.o
+m_pexsi_local_dos.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
+m_pexsi_local_dos.o: units.o
 m_pivot.o: class_Sparsity.o m_pivot_methods.o m_region.o
 m_pivot_methods.o: class_Sparsity.o m_region.o precision.o
 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
@@ -456,6 +471,7 @@ m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
 m_planewavematrixvar.o: precision.o
 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
+m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
 m_region.o: class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o geom_helper.o
 m_region.o: intrinsic_missing.o
 m_rhog.o: alloc.o atomlist.o class_Data1D.o class_Fstack_Pair_Data1D.o
@@ -641,6 +657,8 @@ matel_registry.o: m_trialorbitalclass.o precision.o radial.o spher_harm.o sys.o
 md_out.o: files.o m_energies.o precision.o sys.o units.o
 md_utils.o: precision.o
 memory.o: alloc.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
+memory_all.o: rusage.o
+memory_snapshot.o: rusage.o
 memoryinfo.o: precision.o
 mesh.o: precision.o
 meshcomm.o: mesh.o precision.o
@@ -684,8 +702,8 @@ outcell.o: precision.o siesta_cml.o units.o
 outcoor.o: alloc.o atmfuncs.o precision.o siesta_geom.o sys.o units.o
 overfsm.o: alloc.o atmfuncs.o mneighb.o new_matel.o parallel.o parallelsubs.o
 overfsm.o: precision.o
-overlap.o: alloc.o atmfuncs.o mneighb.o new_matel.o parallel.o parallelsubs.o
-overlap.o: precision.o
+overlap.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_iodm_old.o m_matio.o mneighb.o
+overlap.o: new_matel.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
 parallelsubs.o: domain_decom.o parallel.o spatial.o sys.o
 pdos.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o densematrix.o files.o m_spin.o parallel.o
 pdos.o: parallelsubs.o precision.o siesta_geom.o units.o xml.o
@@ -746,9 +764,9 @@ rhoofd.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
 rhoofdsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o
 rhoofdsp.o: meshdscf.o meshphi.o precision.o sys.o
 save_density_matrix.o: atomlist.o files.o iodm_netcdf.o m_energies.o m_iodm.o
-save_density_matrix.o: m_ncdf_siesta.o m_spin.o m_steps.o m_ts_global_vars.o
-save_density_matrix.o: m_ts_iodm.o m_ts_options.o precision.o siesta_options.o
-save_density_matrix.o: sparse_matrices.o
+save_density_matrix.o: m_matio.o m_ncdf_siesta.o m_spin.o m_steps.o
+save_density_matrix.o: m_ts_global_vars.o m_ts_iodm.o m_ts_options.o
+save_density_matrix.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
 savepsi.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
 scfconvergence_test.o: ldau.o ldau_specs.o m_convergence.o m_energies.o
 scfconvergence_test.o: m_wallclock.o parallel.o precision.o siesta_cml.o
@@ -770,30 +788,34 @@ setup_kscell.o: minvec.o parallel.o precision.o units.o
 setup_ordern_indexes.o: alloc.o domain_decom.o parallel.o spatial.o
 shaper.o: atmfuncs.o mneighb.o precision.o
 show_distribution.o: atomlist.o parallel.o parallelsubs.o siesta_geom.o sys.o
-siesta.o: alloc.o m_steps.o siesta_analysis.o siesta_end.o siesta_forces.o
-siesta.o: siesta_init.o siesta_move.o
+siesta.o: alloc.o extrae_module.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o
+siesta.o: siesta_analysis.o siesta_end.o siesta_forces.o siesta_init.o
+siesta.o: siesta_move.o
 siesta2wannier90.o: files.o m_digest_nnkp.o m_spin.o m_trialorbitalclass.o
 siesta2wannier90.o: parallel.o precision.o siesta_options.o sys.o
 siesta_analysis.o: alloc.o atomlist.o bands.o basis_enthalpy.o dhscf.o files.o
 siesta_analysis.o: flook_siesta.o kpoint_grid.o ksv.o ksvinit.o local_DOS.o
 siesta_analysis.o: m_dipol.o m_energies.o m_eo.o m_forces.o m_gamma.o
-siesta_analysis.o: m_mpi_utils.o m_ntm.o m_partial_charges.o m_spin.o m_steps.o
+siesta_analysis.o: m_iodm_old.o m_mpi_utils.o m_ntm.o m_partial_charges.o
+siesta_analysis.o: m_pexsi_dos.o m_pexsi_local_dos.o m_spin.o m_steps.o
 siesta_analysis.o: parallel.o projected_DOS.o siesta2wannier90.o siesta_cml.o
 siesta_analysis.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o units.o
 siesta_analysis.o: write_subs.o writewave.o zmatrix.o
 siesta_cmlsubs.o: files.o parallel.o siesta_cml.o timestamp.o 
 siesta_dicts.o: atomlist.o m_energies.o m_forces.o precision.o siesta_geom.o
 siesta_dicts.o: siesta_options.o
-siesta_end.o: alloc.o bands.o densematrix.o flook_siesta.o m_dscfcomm.o
-siesta_end.o: m_fixed.o m_mixing_scf.o m_rhog.o m_wallclock.o meshdscf.o
-siesta_end.o: meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o siesta_cmlsubs.o
-siesta_end.o: siesta_master.o siesta_options.o sparse_matrices.o timestamp.o
+siesta_end.o: alloc.o bands.o densematrix.o extrae_eventllist.o flook_siesta.o
+siesta_end.o: m_dscfcomm.o m_fixed.o m_mixing_scf.o m_rhog.o m_wallclock.o
+siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
+siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
+siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
 siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
 siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o final_H_f_stress.o
 siesta_forces.o: flook_siesta.o kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o
-siesta_forces.o: m_forces.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_ncdf_siesta.o m_rhog.o
-siesta_forces.o: m_spin.o m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
-siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
+siesta_forces.o: m_forces.o m_iodm_old.o m_mixing.o m_mixing_scf.o
+siesta_forces.o: m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o
+siesta_forces.o: m_rhog.o m_spin.o m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o
+siesta_forces.o: m_ts_charge.o m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
 siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o parallel.o post_scf_work.o precision.o
 siesta_forces.o: save_density_matrix.o scfconvergence_test.o setup_H0.o
 siesta_forces.o: setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
@@ -845,7 +867,8 @@ struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
 struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
 struct_init.o: units.o zmatrix.o
 sys.o: parallel.o
-timer.o: m_timer.o parallel.o sys.o timer_tree.o
+timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
+timer.o: timer_tree.o
 timer_tree.o: m_walltime.o
 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
 ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
@@ -963,6 +986,7 @@ m_cgwf.o: cgwf.o
 m_chempot.o: chempot.o
 m_chkgmx.o: chkgmx.o
 m_compute_dm.o: compute_dm.o
+m_compute_ebs_shift.o: compute_ebs_shift.o
 m_compute_energies.o: compute_energies.o
 m_compute_max_diff.o: compute_max_diff.o
 m_compute_rhog.o: compute_rhog.o
@@ -1009,6 +1033,7 @@ m_on_subs.o: on_subs.o
 m_ordern.o: ordern.o
 m_overfsm.o: overfsm.o
 m_overlap.o: overlap.o
+m_pexsi_solver.o: m_pexsi_driver.o
 m_post_scf_work.o: post_scf_work.o
 m_projected_dos.o: projected_DOS.o
 m_proximity_check.o: proximity_check.o
@@ -1017,6 +1042,7 @@ m_rdiag_elpa.o: rdiag_elpa.o
 m_rdiag_mrrr.o: rdiag_mrrr.o
 m_rhofft.o: rhofft.o
 m_rhoofd.o: rhoofd.o
+m_rusage.o: rusage.o
 m_save_density_matrix.o: save_density_matrix.o
 m_scf_options.o: m_options.o
 m_scfconvergence_test.o: scfconvergence_test.o

Util/Gen-basis/Makefile

@@ -201,11 +201,13 @@ class_SpData2D.o: class_Data2D.o class_Data2D.o class_Data2D.o class_Data2D.o
 class_SpData2D.o: class_Data2D.o class_Data2D.o
 class_Sparsity.o: alloc.o
 coceri.o: files.o periodic_table.o precision.o
-compute_dm.o: atomlist.o class_SpData1D.o diagon.o iodmhs_netcdf.o
-compute_dm.o: kpoint_grid.o m_dminim.o m_energies.o m_eo.o m_gamma.o m_rmaxh.o
-compute_dm.o: m_spin.o m_steps.o m_transiesta.o m_ts_global_vars.o m_zminim.o
-compute_dm.o: normalize_dm.o ordern.o parallel.o precision.o siesta_geom.o
-compute_dm.o: siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o units.o
+compute_dm.o: atomlist.o class_SpData1D.o compute_ebs_shift.o diagon.o
+compute_dm.o: iodmhs_netcdf.o kpoint_grid.o m_dminim.o m_energies.o m_eo.o
+compute_dm.o: m_gamma.o m_hsx.o m_pexsi_driver.o m_rmaxh.o m_spin.o m_steps.o
+compute_dm.o: m_transiesta.o m_ts_global_vars.o m_zminim.o normalize_dm.o
+compute_dm.o: ordern.o parallel.o precision.o siesta_geom.o siesta_options.o
+compute_dm.o: sparse_matrices.o sys.o units.o
+compute_ebs_shift.o: m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
 compute_energies.o: atomlist.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o dhscf.o
 compute_energies.o: files.o m_dipol.o m_energies.o m_mpi_utils.o m_ntm.o
 compute_energies.o: m_rhog.o m_spin.o precision.o siesta_geom.o
@@ -408,6 +410,8 @@ m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
+m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
+m_iodm_old.o: precision.o sparse_matrices.o sys.o
 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
@@ -445,6 +449,17 @@ m_overkkneig.o: alloc.o atomlist.o m_orderbands.o parallel.o parallelsubs.o
 m_overkkneig.o: precision.o siesta_geom.o sparse_matrices.o
 m_partial_charges.o: atmfuncs.o atomlist.o mesh.o meshphi.o parallel.o
 m_partial_charges.o: precision.o siesta_geom.o siesta_options.o sys.o
+m_pexsi.o: precision.o
+m_pexsi_dos.o: alloc.o class_Distribution.o m_mpi_utils.o m_redist_spmatrix.o
+m_pexsi_dos.o: parallel.o precision.o units.o
+m_pexsi_driver.o: alloc.o class_Distribution.o extrae_module.o m_convergence.o
+m_pexsi_driver.o: m_mpi_utils.o m_pexsi.o m_redist_spmatrix.o parallel.o
+m_pexsi_driver.o: precision.o siesta_options.o units.o
+m_pexsi_local_dos.o: alloc.o atomlist.o class_Distribution.o dhscf.o files.o
+m_pexsi_local_dos.o: m_energies.o m_forces.o m_mpi_utils.o m_ntm.o
+m_pexsi_local_dos.o: m_redist_spmatrix.o m_spin.o parallel.o precision.o
+m_pexsi_local_dos.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
+m_pexsi_local_dos.o: units.o
 m_pivot.o: class_Sparsity.o m_pivot_methods.o m_region.o
 m_pivot_methods.o: class_Sparsity.o m_region.o precision.o
 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
@@ -452,6 +467,7 @@ m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
 m_planewavematrixvar.o: precision.o
 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
+m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
 m_region.o: class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o geom_helper.o
 m_region.o: intrinsic_missing.o
 m_rhog.o: alloc.o atomlist.o class_Data1D.o class_Fstack_Pair_Data1D.o
@@ -637,6 +653,8 @@ matel_registry.o: m_trialorbitalclass.o precision.o radial.o spher_harm.o sys.o
 md_out.o: files.o m_energies.o precision.o sys.o units.o
 md_utils.o: precision.o
 memory.o: alloc.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
+memory_all.o: rusage.o
+memory_snapshot.o: rusage.o
 memoryinfo.o: precision.o
 mesh.o: precision.o
 meshcomm.o: mesh.o precision.o
@@ -680,8 +698,8 @@ outcell.o: precision.o siesta_cml.o units.o
 outcoor.o: alloc.o atmfuncs.o precision.o siesta_geom.o sys.o units.o
 overfsm.o: alloc.o atmfuncs.o mneighb.o new_matel.o parallel.o parallelsubs.o
 overfsm.o: precision.o
-overlap.o: alloc.o atmfuncs.o mneighb.o new_matel.o parallel.o parallelsubs.o
-overlap.o: precision.o
+overlap.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_iodm_old.o m_matio.o mneighb.o
+overlap.o: new_matel.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
 parallelsubs.o: domain_decom.o parallel.o spatial.o sys.o
 pdos.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o densematrix.o files.o m_spin.o parallel.o
 pdos.o: parallelsubs.o precision.o siesta_geom.o units.o xml.o
@@ -742,9 +760,9 @@ rhoofd.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
 rhoofdsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o
 rhoofdsp.o: meshdscf.o meshphi.o precision.o sys.o
 save_density_matrix.o: atomlist.o files.o iodm_netcdf.o m_energies.o m_iodm.o
-save_density_matrix.o: m_ncdf_siesta.o m_spin.o m_steps.o m_ts_global_vars.o
-save_density_matrix.o: m_ts_iodm.o m_ts_options.o precision.o siesta_options.o
-save_density_matrix.o: sparse_matrices.o
+save_density_matrix.o: m_matio.o m_ncdf_siesta.o m_spin.o m_steps.o
+save_density_matrix.o: m_ts_global_vars.o m_ts_iodm.o m_ts_options.o
+save_density_matrix.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
 savepsi.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
 scfconvergence_test.o: ldau.o ldau_specs.o m_convergence.o m_energies.o
 scfconvergence_test.o: m_wallclock.o parallel.o precision.o siesta_cml.o
@@ -766,30 +784,34 @@ setup_kscell.o: minvec.o parallel.o precision.o units.o
 setup_ordern_indexes.o: alloc.o domain_decom.o parallel.o spatial.o
 shaper.o: atmfuncs.o mneighb.o precision.o
 show_distribution.o: atomlist.o parallel.o parallelsubs.o siesta_geom.o sys.o
-siesta.o: alloc.o m_steps.o siesta_analysis.o siesta_end.o siesta_forces.o
-siesta.o: siesta_init.o siesta_move.o
+siesta.o: alloc.o extrae_module.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o
+siesta.o: siesta_analysis.o siesta_end.o siesta_forces.o siesta_init.o
+siesta.o: siesta_move.o
 siesta2wannier90.o: files.o m_digest_nnkp.o m_spin.o m_trialorbitalclass.o
 siesta2wannier90.o: parallel.o precision.o siesta_options.o sys.o
 siesta_analysis.o: alloc.o atomlist.o bands.o basis_enthalpy.o dhscf.o files.o
 siesta_analysis.o: flook_siesta.o kpoint_grid.o ksv.o ksvinit.o local_DOS.o
 siesta_analysis.o: m_dipol.o m_energies.o m_eo.o m_forces.o m_gamma.o
-siesta_analysis.o: m_mpi_utils.o m_ntm.o m_partial_charges.o m_spin.o m_steps.o
+siesta_analysis.o: m_iodm_old.o m_mpi_utils.o m_ntm.o m_partial_charges.o
+siesta_analysis.o: m_pexsi_dos.o m_pexsi_local_dos.o m_spin.o m_steps.o
 siesta_analysis.o: parallel.o projected_DOS.o siesta2wannier90.o siesta_cml.o
 siesta_analysis.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o units.o
 siesta_analysis.o: write_subs.o writewave.o zmatrix.o
 siesta_cmlsubs.o: files.o parallel.o siesta_cml.o timestamp.o 
 siesta_dicts.o: atomlist.o m_energies.o m_forces.o precision.o siesta_geom.o
 siesta_dicts.o: siesta_options.o
-siesta_end.o: alloc.o bands.o densematrix.o flook_siesta.o m_dscfcomm.o
-siesta_end.o: m_fixed.o m_mixing_scf.o m_rhog.o m_wallclock.o meshdscf.o
-siesta_end.o: meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o siesta_cmlsubs.o
-siesta_end.o: siesta_master.o siesta_options.o sparse_matrices.o timestamp.o
+siesta_end.o: alloc.o bands.o densematrix.o extrae_eventllist.o flook_siesta.o
+siesta_end.o: m_dscfcomm.o m_fixed.o m_mixing_scf.o m_rhog.o m_wallclock.o
+siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
+siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
+siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
 siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
 siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o final_H_f_stress.o
 siesta_forces.o: flook_siesta.o kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o
-siesta_forces.o: m_forces.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_ncdf_siesta.o m_rhog.o
-siesta_forces.o: m_spin.o m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
-siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
+siesta_forces.o: m_forces.o m_iodm_old.o m_mixing.o m_mixing_scf.o
+siesta_forces.o: m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o
+siesta_forces.o: m_rhog.o m_spin.o m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o
+siesta_forces.o: m_ts_charge.o m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
 siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o parallel.o post_scf_work.o precision.o
 siesta_forces.o: save_density_matrix.o scfconvergence_test.o setup_H0.o
 siesta_forces.o: setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
@@ -841,7 +863,8 @@ struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
 struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
 struct_init.o: units.o zmatrix.o
 sys.o: parallel.o
-timer.o: m_timer.o parallel.o sys.o timer_tree.o
+timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
+timer.o: timer_tree.o
 timer_tree.o: m_walltime.o
 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
 ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
@@ -947,6 +970,7 @@ m_cgwf.o: cgwf.o
 m_chempot.o: chempot.o
 m_chkgmx.o: chkgmx.o
 m_compute_dm.o: compute_dm.o
+m_compute_ebs_shift.o: compute_ebs_shift.o
 m_compute_energies.o: compute_energies.o
 m_compute_max_diff.o: compute_max_diff.o
 m_compute_rhog.o: compute_rhog.o
@@ -993,6 +1017,7 @@ m_on_subs.o: on_subs.o
 m_ordern.o: ordern.o
 m_overfsm.o: overfsm.o
 m_overlap.o: overlap.o
+m_pexsi_solver.o: m_pexsi_driver.o
 m_post_scf_work.o: post_scf_work.o
 m_projected_dos.o: projected_DOS.o
 m_proximity_check.o: proximity_check.o
@@ -1001,6 +1026,7 @@ m_rdiag_elpa.o: rdiag_elpa.o
 m_rdiag_mrrr.o: rdiag_mrrr.o
 m_rhofft.o: rhofft.o
 m_rhoofd.o: rhoofd.o
+m_rusage.o: rusage.o
 m_save_density_matrix.o: save_density_matrix.o
 m_scf_options.o: m_options.o
 m_scfconvergence_test.o: scfconvergence_test.o

Util/Grimme/Makefile

@@ -139,11 +139,13 @@ class_SpData2D.o: class_Data2D.o class_Data2D.o class_Data2D.o class_Data2D.o
 class_SpData2D.o: class_Data2D.o class_Data2D.o
 class_Sparsity.o: alloc.o
 coceri.o: files.o periodic_table.o precision.o
-compute_dm.o: atomlist.o class_SpData1D.o diagon.o iodmhs_netcdf.o
-compute_dm.o: kpoint_grid.o m_dminim.o m_energies.o m_eo.o m_gamma.o m_rmaxh.o
-compute_dm.o: m_spin.o m_steps.o m_transiesta.o m_ts_global_vars.o m_zminim.o
-compute_dm.o: normalize_dm.o ordern.o parallel.o precision.o siesta_geom.o
-compute_dm.o: siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o units.o
+compute_dm.o: atomlist.o class_SpData1D.o compute_ebs_shift.o diagon.o
+compute_dm.o: iodmhs_netcdf.o kpoint_grid.o m_dminim.o m_energies.o m_eo.o
+compute_dm.o: m_gamma.o m_hsx.o m_pexsi_driver.o m_rmaxh.o m_spin.o m_steps.o
+compute_dm.o: m_transiesta.o m_ts_global_vars.o m_zminim.o normalize_dm.o
+compute_dm.o: ordern.o parallel.o precision.o siesta_geom.o siesta_options.o
+compute_dm.o: sparse_matrices.o sys.o units.o
+compute_ebs_shift.o: m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
 compute_energies.o: atomlist.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o dhscf.o
 compute_energies.o: files.o m_dipol.o m_energies.o m_mpi_utils.o m_ntm.o
 compute_energies.o: m_rhog.o m_spin.o precision.o siesta_geom.o
@@ -346,6 +348,8 @@ m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
+m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
+m_iodm_old.o: precision.o sparse_matrices.o sys.o
 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
@@ -383,6 +387,17 @@ m_overkkneig.o: alloc.o atomlist.o m_orderbands.o parallel.o parallelsubs.o
 m_overkkneig.o: precision.o siesta_geom.o sparse_matrices.o
 m_partial_charges.o: atmfuncs.o atomlist.o mesh.o meshphi.o parallel.o
 m_partial_charges.o: precision.o siesta_geom.o siesta_options.o sys.o
+m_pexsi.o: precision.o
+m_pexsi_dos.o: alloc.o class_Distribution.o m_mpi_utils.o m_redist_spmatrix.o
+m_pexsi_dos.o: parallel.o precision.o units.o
+m_pexsi_driver.o: alloc.o class_Distribution.o extrae_module.o m_convergence.o
+m_pexsi_driver.o: m_mpi_utils.o m_pexsi.o m_redist_spmatrix.o parallel.o
+m_pexsi_driver.o: precision.o siesta_options.o units.o
+m_pexsi_local_dos.o: alloc.o atomlist.o class_Distribution.o dhscf.o files.o
+m_pexsi_local_dos.o: m_energies.o m_forces.o m_mpi_utils.o m_ntm.o
+m_pexsi_local_dos.o: m_redist_spmatrix.o m_spin.o parallel.o precision.o
+m_pexsi_local_dos.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
+m_pexsi_local_dos.o: units.o
 m_pivot.o: class_Sparsity.o m_pivot_methods.o m_region.o
 m_pivot_methods.o: class_Sparsity.o m_region.o precision.o
 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
@@ -390,6 +405,7 @@ m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
 m_planewavematrixvar.o: precision.o
 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
+m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
 m_region.o: class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o geom_helper.o
 m_region.o: intrinsic_missing.o
 m_rhog.o: alloc.o atomlist.o class_Data1D.o class_Fstack_Pair_Data1D.o
@@ -575,6 +591,8 @@ matel_registry.o: m_trialorbitalclass.o precision.o radial.o spher_harm.o sys.o
 md_out.o: files.o m_energies.o precision.o sys.o units.o
 md_utils.o: precision.o
 memory.o: alloc.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
+memory_all.o: rusage.o
+memory_snapshot.o: rusage.o
 memoryinfo.o: precision.o
 mesh.o: precision.o
 meshcomm.o: mesh.o precision.o
@@ -618,8 +636,8 @@ outcell.o: precision.o siesta_cml.o units.o
 outcoor.o: alloc.o atmfuncs.o precision.o siesta_geom.o sys.o units.o
 overfsm.o: alloc.o atmfuncs.o mneighb.o new_matel.o parallel.o parallelsubs.o
 overfsm.o: precision.o
-overlap.o: alloc.o atmfuncs.o mneighb.o new_matel.o parallel.o parallelsubs.o
-overlap.o: precision.o
+overlap.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_iodm_old.o m_matio.o mneighb.o
+overlap.o: new_matel.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
 parallelsubs.o: domain_decom.o parallel.o spatial.o sys.o
 pdos.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o densematrix.o files.o m_spin.o parallel.o
 pdos.o: parallelsubs.o precision.o siesta_geom.o units.o xml.o
@@ -680,9 +698,9 @@ rhoofd.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
 rhoofdsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o
 rhoofdsp.o: meshdscf.o meshphi.o precision.o sys.o
 save_density_matrix.o: atomlist.o files.o iodm_netcdf.o m_energies.o m_iodm.o
-save_density_matrix.o: m_ncdf_siesta.o m_spin.o m_steps.o m_ts_global_vars.o
-save_density_matrix.o: m_ts_iodm.o m_ts_options.o precision.o siesta_options.o
-save_density_matrix.o: sparse_matrices.o
+save_density_matrix.o: m_matio.o m_ncdf_siesta.o m_spin.o m_steps.o
+save_density_matrix.o: m_ts_global_vars.o m_ts_iodm.o m_ts_options.o
+save_density_matrix.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
 savepsi.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
 scfconvergence_test.o: ldau.o ldau_specs.o m_convergence.o m_energies.o
 scfconvergence_test.o: m_wallclock.o parallel.o precision.o siesta_cml.o
@@ -704,30 +722,34 @@ setup_kscell.o: minvec.o parallel.o precision.o units.o
 setup_ordern_indexes.o: alloc.o domain_decom.o parallel.o spatial.o
 shaper.o: atmfuncs.o mneighb.o precision.o
 show_distribution.o: atomlist.o parallel.o parallelsubs.o siesta_geom.o sys.o
-siesta.o: alloc.o m_steps.o siesta_analysis.o siesta_end.o siesta_forces.o
-siesta.o: siesta_init.o siesta_move.o
+siesta.o: alloc.o extrae_module.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o
+siesta.o: siesta_analysis.o siesta_end.o siesta_forces.o siesta_init.o
+siesta.o: siesta_move.o
 siesta2wannier90.o: files.o m_digest_nnkp.o m_spin.o m_trialorbitalclass.o
 siesta2wannier90.o: parallel.o precision.o siesta_options.o sys.o
 siesta_analysis.o: alloc.o atomlist.o bands.o basis_enthalpy.o dhscf.o files.o
 siesta_analysis.o: flook_siesta.o kpoint_grid.o ksv.o ksvinit.o local_DOS.o
 siesta_analysis.o: m_dipol.o m_energies.o m_eo.o m_forces.o m_gamma.o
-siesta_analysis.o: m_mpi_utils.o m_ntm.o m_partial_charges.o m_spin.o m_steps.o