Mega Workflow Genomic - Step by Step - Genomic WGS 220825 + Genomic WGS 220825 Fasta

Sur usegalaxy.fr

Import des 5 sous-workflows

Workflow Name	Version selected	WorkflowHub	Dockstore
Quality and Contamination control workflow for paired-end data	1.1.10	ID 1881	quality-and-contamination-control-raw-reads/main
Bacterial genome assembly workflow for paired-end data	2.0	ID 1043	bacterial-genome-assembly/main
Quality and Contamination control post assembly workflow	1.0	ID 1882	bacterial-quality-and-contamination-control-post-assembly/main
Bacterial genome annotation workflow	1.1.11	ID 1050	bacterial_genome_annotation/main
AMR gene detection workflow in an assembled bacterial genome	1.1.5	ID 1049	amr_gene_detection/main

dans l’onglet TRS ID, mettre l’ID du workflow sur WorkflowHub
puis sélectionner la version qui nous intéresse (la dernière version)
- Q&CC raw reads 1.1.10
- Assembly 2.0
- Q&CC post assembly 1.0
- Annotation 1.1.11
- AMR 1.1.5 mais vaut mieux 1.1.6 (si dispo)

Créer un nouveau workflow :Genomic WGS [dateDuJour - ddmmyy]
Ajouter les métadonnées du workflow
- Annotation : Short paired-end read analysis to provid, assembly, annotation and antimicrobial gene detection. Version ssWF : QCC [versionImportée], Assembly [versionImportée], Annotation [versionImportée], AMR [versionImportée]
- Licence : GNU General Public License v3.0 or later
- Creator :
  - Person : ABRomics + Email : abromics-support@groupes.france-bioinformatique.fr
  - Organization : abromics-consortium + URL : https://www.abromics.fr/
  - Person : Pierre Marin + Identifier (typically an orcid.org ID) : https://orcid.org/0000-0002-8304-138X
  - Person : Clea Siguret + Identifier (typically an orcid.org ID) : https://orcid.org/0009-0005-6140-0379
- Tags : Genomics, fastq, bacterial-genomics, ABRomics, paired-end, short-reads, AMR-detection, assembly, genomic, genome-annotation, antibiotic-resistance, antimicrobial-resistance-genes, AMR
Insérer les 5 sous-workflows

Mettre des labels aux sous-workflows:
- quality_and_contamination_control_raw_reads
- bacterial_genome_assembly
- quality_and_contamination_post_assembly
- bacterial_genome_annotation
- amr_gene_detection
Vérifier que les labels des ouputs de ToolDistillator sont bien différents :
- tooldistillator_[results|summarize]_control_fastq
- `tooldistillator_[results|summarize]_assembly
- tooldistillator_[results|summarize]_control_fasta
- tooldistillator_[results|summarize]_annotation
- tooldistillator_[results|summarize]_amr

Relier les 5 sous-workflows ensemble

QCC & Assembly	Assembly & Annotation	Assembly & AMR

Ajouter 2 outils :
- Merge collections : les input collections sont les 5 tooldistillator_results_[control_raw_reads|assembly|control_raw_reads|annotation|amr]
  - Label : merge_tooldistillator_results
  - Label output : tooldistillator_results
  - Tag : tooldistillator_results
- Tooldistillator summarize : prend en input la collection de Merge collections
  - Label : tooldistillator_summarize
  - Label output : tooldistillator_summarize
  - Tag : tooldistillator_summarize

Ajouter 2 Input Dataset et les relier au ssWF QCC
- Input Dataset 1 :
  - Label : paired_r1
  - Annotation : abromics,genomic,input,raw_reads,forward,fastq
  - Format(s) : fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz
- Input Dataset 2 :
  - Label : paired_r2
  - Annotation : abromics,genomic,input,raw_reads,reverse,fastq
  - Format(s) : fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz

Ajouter 2 Text Input et les relier au ssWF QCC
- Text Input 1 :
  - Label : kraken_bracken_database
  - Parameter type : Text
  - Optional : No
  - Specify a default value : Yes
    - 2023-08-24T153645Z_standard_prebuilt_pluspf_16gb_2022-06-07 Si version dispo sur usegalaxy.fr
  - Restrict Text Values : Provide list all possible values
  - Restricted Values : 2023-08-24T153645Z_standard_prebuilt_pluspf_16gb_2022-06-07 Si version dispo sur usegalaxy.fr
- Text Input 2 :
  - Label : recentrifuge_database
  - Parameter type : Text
  - Optional : No
  - Specify a default value : Yes
    - 2024-06-11 Si version dispo sur usegalaxy.fr
  - Restrict Text Values : Provide list all possible values
  - Restricted Values : 2024-06-11 Si version dispo sur usegalaxy.fr

Ajouter 3 Text Input et les relier au ssWF Annotation
- Text Input 1 :
  - Label : plasmidfinder_database
  - Parameter type : Text
  - Optional : No
  - Specify a default value : Yes
    - plasmidfinder_81c11f4_2023_12_04 Si version dispo sur usegalaxy.fr
  - Restrict Text Values : Provide list all possible values
  - Restricted Values : plasmidfinder_81c11f4_2023_12_04 Si version dispo sur usegalaxy.fr
- Text Input 2 :
  - Label : bakta_database
  - Parameter type : Text
  - Optional : No
  - Specify a default value : Yes
    - V5.1_2024-01-19 Si version dispo sur usegalaxy.fr
  - Restrict Text Values : Provide list all possible values
  - Restricted Values : V5.0light_2023-02-20,V5.1_2024-01-19 Si version dispo sur usegalaxy.fr
- Text Input 3 :
  - Label : bakta_amrfinderplus_database
  - Parameter type : Text
  - Optional : No
  - Specify a default value : Yes
    - amrfinderplus_V3.12_2024-05-02.2 Si version dispo sur usegalaxy.fr
  - Restrict Text Values : Provide list all possible values
  - Restricted Values : amrfinderplus_V3.12_2024-05-02.2 Si version dispo sur usegalaxy.fr

Ajouter 3 Text Input et les relier au ssWF AMR
- Text Input 1 :
  - Label : taxonomy_group_point_mutation
  - Parameter type : Text
  - Optional : No
  - Specify a default value : Yes
    - Enterococcus_faecalis Si version dispo sur usegalaxy.fr
  - Restrict Text Values : Provide list all possible values
  - Restricted Values : Acinetobacter_baumannii,Burkholderia_cepacia,Burkholderia_pseudomallei,Campylobacter,Citrobacter_freundii,Clostridioides_difficile,Enterobacter_cloacae,Enterococcus_faecalis,Enterococcus_faecium,Escherichia,Klebsiella_aerogenes,Klebsiella_oxytoca,Klebsiella_pneumoniae,Neisseria_gonorrhoeae,Neisseria_meningitidis,Pseudomonas_aeruginosa,Salmonella,Serratia_marcescens,Staphylococcus_aureus,Staphylococcus_pseudintermedius,Streptococcus_agalactiae,Streptococcus_pneumoniae,Streptococcus_pyogenes,Vibrio_cholerae Si version dispo sur usegalaxy.fr
- Text Input 2 :
  - Label : amrfinderplus_database
  - Parameter type : Text
  - Optional : No
  - Specify a default value : Yes
    - amrfinderplus_V3.12_2024-05-02.2 Si version dispo sur usegalaxy.fr
  - Restrict Text Values : Provide list all possible values
  - Restricted Values : amrfinderplus_V3.12_2024-05-02.2 Si version dispo sur usegalaxy.fr
- Text Input 3 :
  - Label : abricate_database
  - Parameter type : Text
  - Optional : No
  - Specify a default value : Yes
    - vfdb Si version dispo sur usegalaxy.fr
  - Restrict Text Values : Provide list all possible values
  - Restricted Values : vfdb Si version dispo sur usegalaxy.fr

Mega wf Genomic WGS 220825 for FASTA

Faire une copie du wf Bacterial Genome Assembly with Shovill
le renommer Bacterial Genome Assembly for FASTA
modifier la description From WF Bacterial Genome Assembly using Shovill (Version Assembly 1.1.7) whitout Shovill and Bandage, and with Reads option disabled for QUAST
Ajouter 1 Input Dataset et les relier à CheckM2, RefSeqMasher et Quast
- Input Dataset :
  - Label : Input fasta from assembly
  - Format(s) : fasta
Enregistrer

Faire une copie du mega Wf Genomic WGS 300625
Editer cette copie
- name : Genomic WGS 300625 for FASTA
- description : Fasta analysis to provid assembly quality, annotation and antimicrobial gene detection. Version ssWF : Assembly for FASTA 1.1.7, Annotation 1.1.9, AMR 1.1.5
- tag : enlever fastq et mettre fasta
enlever les sswf Q&CC Bacterial Genome Assembly with Shovill
Insérer le ss wf Bacterial Genome Assembly for FASTA
Mettre un label au nouveau ssWF : bacterial_genome_assembly
Vérifier que les labels des ouputs de ToolDistillator sont bien différents : tooldistillator_[results|summarize]_assembly
Ajouter 1 Input Dataset et le relier aux 3 ss WF
- Input Dataset :
  - Label : fasta
  - Annotation : abromics,genomic,input,contigs,fasta
  - Format(s) : fasta

relier Merge collections avec les 3 tooldistillator_results_[assembly|annotation|amr]
suprimer toutes les briques qui ne servent à rien
Enregistrer

Sur plateforme ABRomics - Via le panel administrateur

Import du MetaWF créé précédement sur usegalaxy.fr (action dans la table GalaxyUser)

Ajout de la configuration associée au MetaWF (ajout dans la table WorkflowConfig)
Worflow Config: Attention, la configuration des schemas diffère selon les résultats que l'on souhaite récupérer (voir .json de Tooldistillator)
- Workflow : Genomic WGS [dateDuJour - ddmmyy]
- Template : Template #[id]: Genomic WGS [version du template de métadonnées associées]
- Type : genomic_[version]
- Extractor name : tooldistillator_summarize
- Parsing schema : le json de parsing devra être updaté avec les informations suivantes
  - Clé tool_infos : rajouter chaque outil sauvegardé dans la bdd dans une liste sous la forme [["nom_de_l'outil", "version de l'outil", booléen si l'outil nécessite une bdd, booléen si l'outil est obligatoire]]
  - Clé tool_items : dans un sous-dictionnaire, rajouter par outil les fichiers et valeurs à récupérer du json de tooldistillator sous la forme "nom de l'outil":[{"file": "nom du fichier","values":["valeur1","valeur2"]}]
  - Clé dbfields_hash : dans un sous-dictionnaire, rajouter par outil la correspondance entre le nom de l'attribut côté modèle ABRomics et le nom de la valeur dans le json de tooldistillator sous la forme "nom de l'outil":{"nom du fichier":{"nom de l'attribut côté ABRomics": "nom de l'attribut côté Tooldistillator",...}}
  - Clé workflow_name : genomic_[version]
- Report schema : voir le schéma dans le fichier report_schema_genomic.json

Attention, FastP dans sa nouvelle version ne prend plus les fichiers de format fastq.gz ! Il faudra éditer la table TemplateInput pour que le format fastqsanger.gz soit le format par défaut pour les R1/R2 d'un WF WGS.

** Ces WFs seront à rajouter sur l'environnement de production lorsque les développements pour l'ajout du QC côté abromics seront terminés. **

Edited Sep 17, 2025 by Hugo Lefeuvre