finess/activité: ajout de diagnostic génétique

Closes #170

See merge request !85

On ajoute l'activité diagnostic génétique qui était mal classée en
amp_dpn.

Le soucis a été remonté par un hopital via qualiscope.

bqss/finess: clarification libellé activité AMP DPN

Closes #169

See merge request !84

AMP DPN n'était vraiment pas clair.

Merge branch '165-activites-retirer-l-ajout-de-l-activite-de-pediatrie-se-basant-sur-les-modalites' into 'main'

finess/activite: suppression de l'activité pédiatrie

Closes #166 and #165

See merge request !83

La typo a été corigée à la source (contact DREES) et le patch n'est plus
nécessaire.

linked to #164

closes #166

Cette activité n'a pas d'existence officielle et ne reflète pas la
réalité sur le terrain. Le problème a été signalé par des établissements
ayant vu les données sur QualiScope.

closes #165

sae: corrections et maj 2020

Closes #163 and #164

See merge request !82

closes #163

Un fichier de la SAE pour la cancéro pour 2019 est partiellement corrompu.

closes #164

docs: update nombre finess actifs

See merge request !81

finess/autorisations: meilleure gestion des activités

Closes #160

See merge request !80

Ce commit ajoute les établissements autorisés pour la nephrologie dans
la liste des établissements potentiellements affichables sur qualiscope,
s'ils remplissent les autres conditions.

On ajoute aussi un tri dans certains champs de la base document pour
pouvoir comparer plus facilement les changements d'une version à l'autre
de la base.

On effectue la détection de la date effective de fin des autorisations
AS en amont, directement dans la partie autorisations plutôt que dans
la partie activité.

De cette façon, on peut s'en servir pour le filtrage des
établissements au moment de la construction de la base qualiscope.

data-gouv: revue de la description du dataset

Closes #159

See merge request !79

La page était trop verbeuse et noyait l'information importante.

Notebook de tutoriel pour l'usage de BQSS

Closes #158

See merge request !78

Ce commit utiliser myst-nb pour exposer le notebook python tutoriel dans
la doc.

On en profite pour faire un peu de ménage dans les dépendances.

On n'utilise maintenant plus qu'un branche principale `main` au lieu de
`develop` puis `master` qui ne faisait pas vraiment de sens dans le
contexte du projet.

Certaines urls en alpha ont été oubliées.

chore/fix: renommage du projet et ses déclinaisons et intégration des certifs 21-25 dans le pipeline principal

See merge request has-sante/public/alpha/scope-sante-data!76

Ce commit renomme toutes les parties en bqss.
Le repository sera maintenant hébergé sur
`https://gitlab.com/has-sante/public/bqss`.

Clément Moutard authored Jun 15, 2022 and Timothée Chehab committed Jun 22, 2022

Le script bqss_data.bqss.main n'incluait pas le domaine des certifs
21-25.
Ce commit complète le dit script pour inclure ce domaine dans le
pipeline.

Clément Moutard authored Jun 15, 2022 and Timothée Chehab committed Jun 22, 2022

Le projet Scope Santé Data et ses différentes appelations et
déclinaisons sont renommés, notamment :

- Scope Santé Data => BQSS Data
- scope-sante-data => bqss-data
- domaine Scope Santé => domaine BQSS
- cli scope-sante => cli bqss
- schémas scope_sante => schémas bqss
- friendly name : Base sur la Qualité et la Sécurité des Soins
- site Scope Santé => site QualiScope (lorsque pertinent)
- actif_scope_sante => actif_qualiscope
- module scope_sante => module bqss

NB 1 : il s'agit dans la quasi-totalité de ce commit d'opérations de
renommage et quelques complétions très ponctuelles par soucis de
cohérence sur la documentation. Concernant cette dernière, elle pourrait
être révisée dans un MR dédié.

NB 2 : il restera à adapter effectivement les différents nommages sur
gitlab ainsi que sur data.gouv.

scope_sante: amélioration du filtrage des établissements

Closes #155

See merge request has-sante/public/alpha/scope-sante-data!77

Ce commit change la façon dont le filtre `actif_scope_sante` est
calculé.
La décision a été prise avec accord des différents services concernés.

Il permet de passer de ~8000 établissements actifs à ~3550, et réduit
ainsi le bruit sur le site internet.

linked to #105

Il y avait un bug qui faisait que les finess de l'extract le plus récent
n'étaient pas filtrés sur les catégories d'aggrégat.

ce commit change le filtrage actif_scope_sante pour n'inclure que les
finess qui:
- sont autorisés et sont actif entre N-1 et N
- ou qui on des iqss récents (2019 et plus) et actifs entre N-1 et N

On avait trop d'établissements dans la base finale. La redescente des
données de certif 2014 générait des établissements sans intérêts et qui
violait les règles d'autorisation d'activité.

Le nouveau filtrage garde les établissement non-autorisés mais
uniquement s'ils ont d'autres données que la certif v2014.

linked to #105

Restructuration de la documentation

See merge request has-sante/public/alpha/scope-sante-data!75