htstools/interactive_ali.md

-# 引数
+NETSCANのaliと同等の機能を実現するために作ったプログラム。
+
+位置ずれ(dx, dy) ギャップ (dz)、回転 (theta)、角度ずれ(dax, day) を同時に計算せず、
+位置ずれ、ギャップ、角度ずれをそれぞれ分離して計算する。
+
+* chamber.kar part.kar EventDiscriptor.iniは必要ない
+* インタラクティブモード(対話形式)でも実行できる
+* 速度はali-gと同等かそれ以上
+* デバッグ情報をわかりやすく出力
+* ソースコードは、ピーク検出とピークのフィッティングを除きわずか900行
+* OpenMPで区画ごとの計算を並列化
+* 使う飛跡集団の、必要なメンバ変数だけキャッシュして高速化
+* ジョブマネージャー、AVX、boostの機能は未使用。高い可読性を実現
+* パラメータ名を整理。意味と名前が一致しないパラメータ名は排除
+* 入力形式は問わないようにし、クラスとして提供予定
+
+## ソースコード
+https://gitlab.com/escan/phst.cpp/blob/develop/Solutions/netscan/interactive_ali/interactive_ali.cpp
+
+
+
+## 引数
 1. bvxxファイル名1
 2. PL番号1
 3. Zone番号1
@@ -8,7 +29,7 @@
 7. Globalパラメータ
 8. Localパラメータ
 
-# Globalパラメータ
+## Globalパラメータ
 
 ```yaml
 #TanTheta
@@ -59,7 +80,27 @@ MinPHSlope: 0
 
 ```
 
-# Localパラメータ
+## Localパラメータ
+
+位置ずれ空間で計算する時は `Position` 角度ずれ空間で計算する時は `Angle` Gap空間で計算する時は `Gap` を `SearchMode` に指定する。それ以外は対応していない。
+
+### 視野の指定方法
+
+```yaml
+- View: 
+    CenterX: [30000,70000,50000]
+    CenterY: [30000,30000,70000]
+    SideX: 1000
+    SideY: 1000
+```
+
+```
+- ViewArray: 
+    StepX: 10000
+    StepY: 10000
+    SideX: 20000
+    SideY: 20000
+```
 
 ```yaml
 - ViewArray: 
@@ -100,3 +141,13 @@ MinPHSlope: 0
   SetGlobal: True
   Debug: True
 ```
+
+## デバッグ情報について
+画像のXY座標は各Window空間のビンに相当し、輝度値はSignificanceに相当する。5σで輝度値が255になるように規格化している。
+
+https://gitlab.com/escan/phst.cpp/blob/develop/src/phst.core/MyFitting.cpp
+
+の `find_fine_2dpeak_impl` がその実装である。
+
+
+