Commit ca208a9b authored by Antoine Fauchié's avatar Antoine Fauchié

edit: mise à jour des bibliographies

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journaltitle = {Jamstatic},
url = {https://jamstatic.fr/2017/01/17/comment-fonctionne-jekyll/},
urldate = {2020-05-04},
abstract = {\`A partir du code source, nous pouvons mieux comprendre le process de g\'en\'eration au c\oe{}ur de Jekyll.},
abstract = {\`A partir du code source, nous pouvons mieux comprendre le process de g\'en\'eration au c\oe ur de Jekyll.},
editora = {Taillandier, Frank},
editoratype = {collaborator},
file = {/home/antoine/Zotero/storage/YG9RQJD9/comment-fonctionne-jekyll.html},
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publisher = {{Infologie}},
url = {https://arthurperret.fr/2018/12/17/dr-jekyll-et-mr-tex/},
urldate = {2020-04-30},
abstract = {La fragmentation de notre pr\'esence \'editoriale et le caract\`ere souvent insatisfaisant des plateformes professionnelles conduit certains chercheurs \`a mettre en place un site \`a leur fa\c{c}on pour diffuser leurs travaux, ou au moins centraliser l'acc\`es \`a leur production. C'est ce que j'ai entrepris, en faisant des choix qui me tiennent \`a c\oe{}ur et que je souhaitais expliquer en quelques lignes. Pourquoi un site web~? Par essence, le chercheur est dispers\'e~: conf\'erences, articles de revue, chapitres d'...},
abstract = {La fragmentation de notre pr\'esence \'editoriale et le caract\`ere souvent insatisfaisant des plateformes professionnelles conduit certains chercheurs \`a mettre en place un site \`a leur fa\c{c}on pour diffuser leurs travaux, ou au moins centraliser l'acc\`es \`a leur production. C'est ce que j'ai entrepris, en faisant des choix qui me tiennent \`a c\oe ur et que je souhaitais expliquer en quelques lignes. Pourquoi un site web~? Par essence, le chercheur est dispers\'e~: conf\'erences, articles de revue, chapitres d'...},
file = {/home/antoine/Zotero/storage/DTAVRLT9/1.html},
langid = {french},
type = {Blog}
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abstract = {The amazing Emacs org-mode has myriad uses and features including outlining, note-taking, table management, and publishing to HTML and LaTeX. It's also a fabulous tool to help make your research reproducible. From Wikipedia (http://en.wikipedia.org/wiki/Reproduc...
In 2012, a survey done for Nature found that 47 out of 53 medical research papers on the subject of cancer were irreproducible (http://www.nature.com/nature/journal/... Researchers explained in a 2006 study that, of 249 data sets from American Psychology Association (APA) empirical articles, 73\% of contacted authors did not respond with their data (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17...) over a 6-month period.
Org-mode allows authors to include their datasets and all programs that were run to generate figures and text. Included files can be used to facilitate version control. While there are limits to this approach\textemdash{}including data generation and software versioning\textemdash{}it represents a big advance in reproducibility and one which has not yet been widely adopted.
Org-mode allows authors to include their datasets and all programs that were run to generate figures and text. Included files can be used to facilitate version control. While there are limits to this approach\textemdash including data generation and software versioning\textemdash it represents a big advance in reproducibility and one which has not yet been widely adopted.
Learn more from the developers at thoughtbot ⌨️
Head over to http://tbot.io/dev-blog to read more great articles on our blog.},
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doi = {10.7717/peerj-cs.112},
url = {https://peerj.com/articles/cs-112},
urldate = {2020-05-01},
abstract = {The timely publication of scientific results is essential for dynamic advances in science. The ubiquitous availability of computers which are connected to a global network made the rapid and low-cost distribution of information through electronic channels possible. New concepts, such as Open Access publishing and preprint servers are currently changing the traditional print media business towards a community-driven peer production. However, the cost of scientific literature generation, which is either charged to readers, authors or sponsors, is still high. The main active participants in the authoring and evaluation of scientific manuscripts are volunteers, and the cost for online publishing infrastructure is close to negligible. A major time and cost factor is the formatting of manuscripts in the production stage. In this article we demonstrate the feasibility of writing scientific manuscripts in plain markdown (MD) text files, which can be easily converted into common publication formats, such as PDF, HTML or EPUB, using Pandoc. The simple syntax of Markdown assures the long-term readability of raw files and the development of software and workflows. We show the implementation of typical elements of scientific manuscripts\textemdash{}formulas, tables, code blocks and citations\textemdash{}and present tools for editing, collaborative writing and version control. We give an example on how to prepare a manuscript with distinct output formats, a DOCX file for submission to a journal, and a LATEX/PDF version for deposition as a PeerJ preprint. Further, we implemented new features for supporting `semantic web' applications, such as the `journal article tag suite'\textemdash{}JATS, and the `citation typing ontology'\textemdash{}CiTO standard. Reducing the work spent on manuscript formatting translates directly to time and cost savings for writers, publishers, readers and sponsors. Therefore, the adoption of the MD format contributes to the agile production of open science literature. Pandoc Scholar is freely available from
abstract = {The timely publication of scientific results is essential for dynamic advances in science. The ubiquitous availability of computers which are connected to a global network made the rapid and low-cost distribution of information through electronic channels possible. New concepts, such as Open Access publishing and preprint servers are currently changing the traditional print media business towards a community-driven peer production. However, the cost of scientific literature generation, which is either charged to readers, authors or sponsors, is still high. The main active participants in the authoring and evaluation of scientific manuscripts are volunteers, and the cost for online publishing infrastructure is close to negligible. A major time and cost factor is the formatting of manuscripts in the production stage. In this article we demonstrate the feasibility of writing scientific manuscripts in plain markdown (MD) text files, which can be easily converted into common publication formats, such as PDF, HTML or EPUB, using Pandoc. The simple syntax of Markdown assures the long-term readability of raw files and the development of software and workflows. We show the implementation of typical elements of scientific manuscripts\textemdash formulas, tables, code blocks and citations\textemdash and present tools for editing, collaborative writing and version control. We give an example on how to prepare a manuscript with distinct output formats, a DOCX file for submission to a journal, and a LATEX/PDF version for deposition as a PeerJ preprint. Further, we implemented new features for supporting `semantic web' applications, such as the `journal article tag suite'\textemdash JATS, and the `citation typing ontology'\textemdash CiTO standard. Reducing the work spent on manuscript formatting translates directly to time and cost savings for writers, publishers, readers and sponsors. Therefore, the adoption of the MD format contributes to the agile production of open science literature. Pandoc Scholar is freely available from
https://github.com/pandoc-scholar
.},
file = {/home/antoine/Zotero/storage/KYJKTVPI/Krewinkel et Winkler - 2017 - Formatting Open Science agilely creating multiple.pdf},
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doi = {10.35562/balisages.321},
url = {https://publications-prairial.fr/balisages/index.php?id=321},
urldate = {2020-02-25},
abstract = {Les technologies d'\'edition num\'erique sont \`a l'origine des documents comme les articles ou les ouvrages, et elles constituent un exemple original d'objet nativement num\'erique. Dynamiques, modulables, prot\'eiformes, plusieurs exemples r\'ecents de technologies tendent \`a interroger leur statut. Si notre point de d\'epart est la comparaison entre les documents et les technologies d'\'edition num\'erique, nous les dissocierons en soulignant la dimension r\'eflexive de ces technologies. Cet article pr\'esente trois exemples~: Distill, une revue dont les articles sont g\'er\'es comme des programmes informatiques~; Quire, une cha\^ine de publication qui g\'en\`ere des livres~multiformes~; Stylo, un \'editeur de texte s\'emantique qui permet l'\'ecriture dans un contexte d'\'edition scientifique. Notre m\'ethodologie consiste en l'analyse de ces trois syst\`emes de publication, embl\'ematiques des transformations num\'eriques \`a l'\oe{}uvre, bas\'ee sur trois crit\`eres (structure, inscription et r\'eflexivit\'e). Ces trois initiatives rassemblent nombre des sp\'ecificit\'es propres aux objets nativement num\'eriques qui nous entourent d\'esormais, alors que les technologies d'\'edition traditionnelles reposent principalement sur une cha\^ine d'impression.},
abstract = {Les technologies d'\'edition num\'erique sont \`a l'origine des documents comme les articles ou les ouvrages, et elles constituent un exemple original d'objet nativement num\'erique. Dynamiques, modulables, prot\'eiformes, plusieurs exemples r\'ecents de technologies tendent \`a interroger leur statut. Si notre point de d\'epart est la comparaison entre les documents et les technologies d'\'edition num\'erique, nous les dissocierons en soulignant la dimension r\'eflexive de ces technologies. Cet article pr\'esente trois exemples~: Distill, une revue dont les articles sont g\'er\'es comme des programmes informatiques~; Quire, une cha\^ine de publication qui g\'en\`ere des livres~multiformes~; Stylo, un \'editeur de texte s\'emantique qui permet l'\'ecriture dans un contexte d'\'edition scientifique. Notre m\'ethodologie consiste en l'analyse de ces trois syst\`emes de publication, embl\'ematiques des transformations num\'eriques \`a l'\oe uvre, bas\'ee sur trois crit\`eres (structure, inscription et r\'eflexivit\'e). Ces trois initiatives rassemblent nombre des sp\'ecificit\'es propres aux objets nativement num\'eriques qui nous entourent d\'esormais, alors que les technologies d'\'edition traditionnelles reposent principalement sur une cha\^ine d'impression.},
keywords = {Circulation des contenus,Édition,Éditorialisation,Plateformes d'édition,Plateformes numériques,Production des contenus},
langid = {french},
number = {1}
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location = {{Los Angeles, \'Etats-Unis d'Am\'erique}},
url = {http://www.getty.edu/publications/artistryinbronze},
urldate = {2020-05-10},
abstract = {The papers in this volume derive from the proceedings of the nineteenth International Bronze \ldots{}},
abstract = {The papers in this volume derive from the proceedings of the nineteenth International Bronze \ldots},
file = {/home/antoine/Zotero/storage/JGBX6XT8/artistryinbronze.html},
isbn = {978-1-60606-540-2},
langid = {english},
......
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type = {{Colloque international}}
}
@misc{fauchie__2015,
title = {{From\textemdash{}To : une publication contemporaine}},
shorttitle = {{From\textemdash{}To}},
@misc{fauchie_:_2015,
title = {{From\textemdash To : une publication contemporaine}},
shorttitle = {{From\textemdash To}},
author = {Fauchi{\'e}, Antoine},
year = {2015},
month = jul,
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month = feb,
issn = {2724-7430},
doi = {10.35562/balisages.321},
abstract = {Les technologies d'\'edition num\'erique sont \`a l'origine des documents comme les articles ou les ouvrages, et elles constituent un exemple original d'objet nativement num\'erique. Dynamiques, modulables, prot\'eiformes, plusieurs exemples r\'ecents de technologies tendent \`a interroger leur statut. Si notre point de d\'epart est la comparaison entre les documents et les technologies d'\'edition num\'erique, nous les dissocierons en soulignant la dimension r\'eflexive de ces technologies. Cet article pr\'esente trois exemples~: Distill, une revue dont les articles sont g\'er\'es comme des programmes informatiques~; Quire, une cha\^ine de publication qui g\'en\`ere des livres~multiformes~; Stylo, un \'editeur de texte s\'emantique qui permet l'\'ecriture dans un contexte d'\'edition scientifique. Notre m\'ethodologie consiste en l'analyse de ces trois syst\`emes de publication, embl\'ematiques des transformations num\'eriques \`a l'\oe{}uvre, bas\'ee sur trois crit\`eres (structure, inscription et r\'eflexivit\'e). Ces trois initiatives rassemblent nombre des sp\'ecificit\'es propres aux objets nativement num\'eriques qui nous entourent d\'esormais, alors que les technologies d'\'edition traditionnelles reposent principalement sur une cha\^ine d'impression.},
abstract = {Les technologies d'\'edition num\'erique sont \`a l'origine des documents comme les articles ou les ouvrages, et elles constituent un exemple original d'objet nativement num\'erique. Dynamiques, modulables, prot\'eiformes, plusieurs exemples r\'ecents de technologies tendent \`a interroger leur statut. Si notre point de d\'epart est la comparaison entre les documents et les technologies d'\'edition num\'erique, nous les dissocierons en soulignant la dimension r\'eflexive de ces technologies. Cet article pr\'esente trois exemples~: Distill, une revue dont les articles sont g\'er\'es comme des programmes informatiques~; Quire, une cha\^ine de publication qui g\'en\`ere des livres~multiformes~; Stylo, un \'editeur de texte s\'emantique qui permet l'\'ecriture dans un contexte d'\'edition scientifique. Notre m\'ethodologie consiste en l'analyse de ces trois syst\`emes de publication, embl\'ematiques des transformations num\'eriques \`a l'\oe uvre, bas\'ee sur trois crit\`eres (structure, inscription et r\'eflexivit\'e). Ces trois initiatives rassemblent nombre des sp\'ecificit\'es propres aux objets nativement num\'eriques qui nous entourent d\'esormais, alors que les technologies d'\'edition traditionnelles reposent principalement sur une cha\^ine d'impression.},
copyright = {CC BY SA 4.0},
journal = {Balisages},
keywords = {Circulation des contenus,Édition,Éditorialisation,Plateformes d'édition,Plateformes numériques,Production des contenus},
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author = {Fauchi{\'e}, Antoine},
year = {2013},
month = mar,
abstract = {Frank Adebiaye vient de pr\'esenter un projet fort int\'eressant. Zeitgeist est ``une entreprise litt\'eraire'', quelque chose se rapprochant du livre, un texte qui, dans ses formes et dans son c\oe{}ur m\^eme, m\^ele et entrelace...},
abstract = {Frank Adebiaye vient de pr\'esenter un projet fort int\'eressant. Zeitgeist est ``une entreprise litt\'eraire'', quelque chose se rapprochant du livre, un texte qui, dans ses formes et dans son c\oe ur m\^eme, m\^ele et entrelace...},
copyright = {CC BY-SA},
file = {/home/antoine/Zotero/storage/D4SY9RQC/zeitgeist.html},
journal = {quaternum.net},
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