Changes
Page history
已更新 mirror-help/bioc.md
authored
Nov 16, 2017
by
Guest
Show whitespace changes
Inline
Side-by-side
mirror-help/bioc.md
View page @
e2913863
...
...
@@ -17,12 +17,16 @@
4.
在R语言环境下运行
`chooseBioCmirror(local.only=T)`
,(注意参数不可省略),选择“8: (other mirrors)”后,出现 “9: China (Xi'an) [https]”,则为开源社区的镜像
# 超算中心(无外网时)重置镜像路径
1.
打开
`BioC_mirrors.csv`
文件,文件路径为
`R安装路径/doc/BioC_mirrors.csv`
将下列语句粘贴在文件末尾
1.
下载BiocInstaller包,链接地址 https://linux.xidian.edu.cn/mirrors/bioc/packages/3.6/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.28.0.tar.gz (linux版本)
2.
离线安装BiocInstaller,命令为
`R CMD INSTALL $PACKAGE_PATH/BiocInstaller_1.28.0.tar.gz`
3.
打开
`BioC_mirrors.csv`
文件,文件路径为
`R安装路径/doc/BioC_mirrors.csv`
将下列语句粘贴在文件末尾
`China (Xi'an),China,Xi'an,http://202.117.120.246/mirrors/bioc/,"Xidian University","Xidian University Open Source Community",1,cn`
2
.
打开
`CRAN_mirrors.csv`
文件,文件路径为
`R安装路径/doc/BioC_mirrors.csv`
将下列语句粘贴在文件末尾
4
.
打开
`CRAN_mirrors.csv`
文件,文件路径为
`R安装路径/doc/BioC_mirrors.csv`
将下列语句粘贴在文件末尾
`"China (Xi'an)",China,Xi'an,http://202.117.120.246/mirrors/CRAN/,"Xidian University","Xidian University Open Source Community",1,cn`
> 202.117.120.246为 linux.xidian.edu.cn所对应的ip地址
3.
安装所需的包时,先运行
`chooseCRANmirror(local.only=T)`
和
`chooseBioCmirror(local.only=T)`
,分别选择“China (Xi'an)”作为所用源,即可使用开源社区的镜像
4.
当前问题是,超算中心无法正常安装BioInstaller包。
5.
安装所需的包时,先运行
`chooseCRANmirror(local.only=T)`
和
`chooseBioCmirror(local.only=T)`
,分别选择“China (Xi'an)”作为所用源,即可使用开源社区的镜像;如需使用bioconductor库,则直接使用biocLite(pkg)即可
# 注意
*
Bioconductor镜像地址与BiocInstaller包版本号直接相关,如出现无法连接的情况,请查看两者是否相同;如不相同,请安装相应的BiocInstaller包
# 相关链接
http://www.bioconductor.org/