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# 介绍 # 介绍
>Bioconductor是基于R语言的生物信息学程序库,其中包含了生物信息学分析所需的相关工具。详情请参阅 http://www.bioconductor.org/ 或 https://en.wikipedia.org/wiki/Bioconductor >Bioconductor是基于R语言的生物信息学程序库,其中包含了生物信息学分析所需的相关工具。详情请参阅 http://www.bioconductor.org/ 或 https://en.wikipedia.org/wiki/Bioconductor
# 安装 # 安装与使用
1. Bioconductor是基于R语言的程序库,首先请安装R语言环境,具体参见 https://linux.xidian.edu.cn/mirrors/CRAN/ 1. Bioconductor是基于R语言的程序库,首先请安装R语言环境,具体参见 https://linux.xidian.edu.cn/mirrors/CRAN/
2. 运行R语言环境,安装BioInstaller包 2. 运行R语言环境,安装BioInstaller包
`source("https://bioconductor.org/biocLite.R")` `source("https://bioconductor.org/biocLite.R")`
`install.packages('BioInstaller')` `install.packages('BioInstaller')`
3. 打开 `BioC_mirrors.csv` 文件,文件路径为`R安装路径/doc/BioC_mirrors.csv` 将下列语句粘贴在文件末尾 3. 打开 `BioC_mirrors.csv` 文件,文件路径为`R安装路径/doc/BioC_mirrors.csv` 将下列语句粘贴在文件末尾
`China (Xi'an) [https],China,Xi'an,https://linux.xidian.edu.cn/mirrors/bioc/,"Xidian University","Xidian University Open Source Community",1,cn` `China (Xi'an) [https],China,Xi'an,https://linux.xidian.edu.cn/mirrors/bioc/,"Xidian University","Xidian University Open Source Community",1,cn`
4. 4. 在R语言环境下运行 `chooseBioCmirror(local.only=T)`,(注意参数不可省略),选择“8: (other mirrors)”后,出现 “9: China (Xi'an) [https]”,则为开源社区的镜像
# 超算中心重置镜像路径 # 超算中心重置镜像路径
1. 打开Rprofile文件,文件路径 R安装目录/lib[或lib64]/R/library/base/R/Rprofile 1. 打开Rprofile文件,文件路径 R安装目录/lib[或lib64]/R/library/base/R/Rprofile
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