refiner, visualizer関数などにおけるelem_node_indexの型不整合

#741 (closed) と同様に、 elem_node_index についてのintとlong longの型不整合を解消する。

9507e041 にて elem_node_index はlong longとされたが、これ以前に作成されたコードでは、int扱いとなっている。
macOS 26 + GCC 15の環境下では 58b91e2f で修正した分のエラーしか検出されなかったが、Ubuntu 26.04において他の箇所でもエラーとなったため、型不整合の危険性がある箇所を全て修正する。