contactとembedのNaNエラー対応

contactで嵌合干渉関連の変数初期化漏れ、embedで局所座標ctpos(3)の初期化漏れがあり、環境によりエラーが出ていました。コンパイラが未初期化変数を0クリアする環境では問題はでないのですが、それ以外の環境ではNaNエラーになるので、他のテストが通らないコード（GPUなど）はこれが原因だった可能性が高いと思います。